当前，检察机关查办职务犯罪面临的任务很艰巨，制约侦查工作科学发展的因素很多。构建有利于职务犯罪侦查科学发展的内部保障机制，至少要从以下几方面着手：一、贯彻迅速秘密侦查运行机制。这项机制中，两个因素至关重要。一要坚持严管线索，确保在秘密中谋划初查。为防止线索因管理分散而失密，有必要实行检察长统一管理重大案件线索的工作机制。同时，还应建立健全上级院领导管理下级院的案件线索及其处理情况工作机制。上一级院检察长可以要求下一级院检察长每月汇报一次案件线索收集处理情况，实现有效整合和充分利用。本院检察长应当对有关线索逐个评估。制定初查方案时，坚持个别交办、有限知情，严防泄密，严防初查未启动、说情已上门的现象。二要坚持兵贵神速，争取在秘密中结束初查。在初查过程中，应当坚持先外后内，先尽力获取物证、书证等客观性证据，再收集证人证言等主观性证据，把直接接触初查对象放在初查的最后环节。一旦启动初查，必须以快制胜，确保立案或采取强制措施前不走漏任何消息，保障侦查顺利进行。

　　二、健全案件质量前瞻后延机制。实践中，侦查人员时常就一些定罪存在争议、证据难以把握的案件向侦监、公诉部门咨询，这种个别化、无序化的咨询方式不利于职务犯罪侦查工作的健康发展。为此，有必要建立健全案件质量前瞻后延的工作机制。

　　一是建立健全案件质量前瞻运行机制。从初查开始，侦查部门就要以保障顺利起诉、判决的眼光，认真全面细致地收集证据。批捕起诉部门也要及时提供指导性、针对性意见，要明确侦监、公诉部门依法介入的时间和任务。侦监部门立足于法定逮捕条件，对收集、固定、保全证据提出建议意见，并就事实证据及法律适用提出意见，审查准备移送的案卷材料是否齐备。公诉部门立足于法庭举证要求，从起诉角度，对收集、固定证据及完善证据体系等提出建议;审查案卷材料是否齐备、强制措施是否适当，并对有关问题提出改进建议。

　　二是建立健全侦结后的质量跟踪机制。侦查部门的视角要向后续的诉讼阶段延伸，负责跟踪协助出庭公诉，共同补强证据。建立侦查人员到庭旁听制度，要求侦查人员树立庭审意识，在开庭时直观感受对案件事实和证据的辩论;判决后，还要对照整套法律文书，认真分析判决认定事实、采信证据、适用法律与移送起诉、公诉阶段的异同之处，并写出分析报告，促进侦查质量的提高。

　　三、健全合并侦查机制。鉴于渎职侵权与贪污贿赂行为常常交织在一起，为有效惩治职务犯罪，有必要把反渎与反贪工作紧密结合起来，形成侦查合力。一是尝试通过查清渎职犯罪，为取得反贪案件的突破扫除障碍。在查办贪污贿赂犯罪案件时，往往因犯罪隐蔽、侦查手段缺乏、讯问时间限制而难以突破。此时需要及时改变策略，先查渎职，为反贪铺路。二是尝试通过深挖贪污贿赂线索，为实现反渎案件的突破暗度陈仓。如果仅就渎职线索查办渎职案件，社会理解程度相对较低，法院量刑相对较轻，办案效果难以提升。为得到更多理解和支持，要不断扩大反渎办案的社会效果，有的市县区院通过探索以深挖贪污贿赂犯罪为查办反渎案件作“总结”的联合办案模式，取得了较好的法律效果和社会效果。

　　四、健全侦查指挥组织领导机制。侦查工作的科学发展，需要设立能够有效整合办案资源的侦查指挥组织领导机构，从而形成纵向指挥有力、横向协作紧密、运转高效有序的工作格局。而分散型模式已不具备在新形势下实现侦查工作科学发展的优势，近年来部分省市县院就有整合侦查部门的成功实践。

　　五、完善内部配合协调机制。按照分工负责与资源整合要求，切实加强职务犯罪侦查工作中的内部协作协调配合机制，增强整体合力。从横向角度，要坚持举报中心归口受理举报线索，同时由指挥中心负责统一管理线索，统一交办案件，尤其是统一协调需要多部门参与办理的案件。民行检察部门应当发挥熟悉民事行政诉讼规律的特长，在办案中发现司法不公背后的职务犯罪线索时，可按照规定进行初查，或根据检察长指令移送并配合查办。监所检察部门查办案件时要主动争取反贪、渎检部门的支持配合，必要时及时移交反贪、渎检部门。

　　充分发挥法医、理化、文检、痕检、司法会计等科技手段在侦查中的作用，有效运用科技手段和现代设备，固定保全和鉴别证据，提高自侦工作信息化程度以及科技实力向现实战斗力转化的能力。从纵向角度，健全以省院为龙头，各地市县区院为支点的检察系统内部配合协作体制。必要时，对案情重大复杂、社会反映强烈、需要跨区域侦查、下级院侦查确有困难或组织侦查不力的大要案，采取组织专项侦查、实施专案侦查、交办、指定异地管辖、参办、督办、提办等多种侦查指挥方式，发挥整体优势，排除干扰阻力，有效查办案件。